1. Phòng Quản lý Tổng hợp

      - Giúp Giám đốc quản lý mọi mặt hoạt động của Trung tâm.

      - Tổ chức thực hiện các công việc thuộc lĩnh vực quản lý khoa học, đào tạo, kế hoạch tài chính, công sản, hành chính, tổ chức, Thi đua khen thưởng, hợp tác quốc tế, quản trị, văn thư lưu trữ…

      - Tư vấn, đề xuất ý kiến và tham mưu cho Lãnh đạo Trung tâm về các lĩnh vực quản lý nói trên.

2. Phòng Laser y tế và Kỹ thuật Y sinh

3. Phòng Công nghệ Laser và Quang tử

4. Phòng Phát triển thị trường và dịch vụ